La reine Thiberge y fit édifier une cella, modeste établissement religieux autour duquel des moines s’installèrent, donnant ainsi naissance au monastère. Au XVIIᵉ siècle, l’abbaye fut à deux reprises ravagée par le feu. Reconstruite, elle fut érigée en Abbaye royale en 1674 par un bref du pape Clément X. En 1681 débuta la construction des bâtiments actuels, comme en témoigne la date inscrite sur la porte d’entrée.
Après la Révolution française, le monastère devint successivement une exploitation viticole, puis un relais à chevaux vers 1840. En 1862, il fut transformé en auberge, devenant ainsi le premier hôtel-restaurant des rives du lac d’Annecy. Aujourd’hui encore, l’abbaye conserve de précieux témoins de son passé, tels que le cloître, la galerie desservant les anciennes cellules des moines ou encore la chambre du Prieur.